Desa Mulia Jaya dibentuk sebagai hasil pemekaran dari Desa Burnai Mulia yang resmi didirikan pada tahun 2007. Pemekaran desa ini dilakukan untuk meningkatkan kinerja pemerintahan desa dan mendekatkan pelayanan kepada masyarakat.

Desa Burnai Mulia dibangun selama program transmigrasi tahun 1992, di bawah pemerintahan Presiden Soeharto. Program ini bertujuan untuk mencapai pemerataan penduduk dan menciptakan wilayah pemukiman baru yang dapat menjadi pusat pertumbuhan ekonomi dan sosial.

Desa Mulia Jaya dibentuk sebagai desa definitif setelah wilayah desa dipecah karena populasi dan luasnya. Sejak didirikan, Desa Mulia Jaya terus berkembang dengan tujuan meningkatkan tata kelola pemerintahan dan meningkatkan kesejahteraan masyarakatnya.